MTs Negeri 3 Bondowoso, berlokasi di Jalan KH. Yahya Jazuli Dusun Plasaan RT 016 RW 008 Desa Kerang Kecamatan Sukosari Kabupaten Bondowoso. Dengan Nomor Statistik Madrasah (NSM) 121135110003 serta Nomor Pokok Sekolah Nasional (NPSN) 69978954.

MTs Negeri 3 Bondowoso Kabupaten Bondowoso adalah merupakan salah satu lembaga pendidikan di bawah naungan Kementerian Agama yang pada awalnya merupakan embrio dari MTs SATU ATAP yang berdiri pada tahun 2009 berdasarakan Surat Keputusan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Timur nomor Kw.13.4/4/PP.03.2/371/SKP/2010 tanggal 11 Maret 2010 dan Piagam Ijin Operasional Madrasah Tsanawiyah nomor Kd.13.11/4/PP.03.2/1566/2010 tanggal 9 Juli 2010. Kemudian beralih status menjadi filial ke MTs Negeri Bondowoso II pada tahun 2013 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam nomor DJ.I/590/2012 tanggal 23 Mei 2012 dan resmi menjadi MTs Negeri 3 Bondowoso pada tahun 2018 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 100 Tahun 2018 tanggal 19 Februari 2018. Sebagai pelakasana tugas (plt) Kepala Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Bondowoso adalah Bapak Saini, S.Ag., M.Pd.I yang kemudian dilanjutkan oleh Bapak Santoso, S.Ag., M.Pd. sebagai Kepala Madrasah definitif berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI nomor B.II/3/18348 tanggal 12 Juni 2019. Terhitung mulai tugas tanggal 25 Juni 2019.

Upaya peningkatan mutu pendidikan di MTs Negeri 3 Bondowoso telah dilakukan. Untuk mencapai peningkatan mutu, maka disusunlah visi, misi dan tujuan sekolah serta strategi peningkatan kualitas proses dan hasil belajar. Salah satu upaya peningkatan mutu yang dimaksud adalah sebagai sekolah pelaksana kurikulum Tahun 2013. Dalam pencapaian mutu diatas tidak terlepas dari pengembangan. Untuk itu warga sekolah terus mengupayakan terpenuhinya fasilitas sarana dan prasarana yang diperlukan.